Si quieres hacer una sincronización completa entre Active Directory y Office 365 (o Windows Azure Active Directory o Intune) se puede iniciar sesión en la sincronización de directorios del servidor, para ello, abre PowerShell (con privilegios elevados), navega a la carpeta C:\Archivos de programa\Windows Azure Active Directory Sync y escribe el comando .\DirSyncConfShell.psc1. Cuando finalice, puedes iniciar cmdlet Start-OnlineCoexistenceSync lo que obligará a la replicación.

Cuando haya instalado Windows Server 2012 R2 con la última versión de sincronización de directorios (yo estaba corriendo 1.0.6862.0 pero he visto esto con 1.0.7020.0 también) el archivo DirSyncConfShell.psc1 falta.

En Windows 2012 R2 puedes importar el módulo de sincronización de directorios directamente en PowerShell mediante el comando Import-Module DirSync. Cuando finalice la importación ejecuta Start-OnlineCoexistenceSync -Verbose para sincronizar su Active Directory con Office 365.